Bacharelado em Ciências Biológicas (UAST)
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Item Análise de lacases de microrganismos com aplicações em biorremediação usando ferramentas de bioinformática(2022-10-21) Silva, Andrey Giordane Costa; Buarque, Diego de Souza; http://lattes.cnpq.br/7609652740088882; http://lattes.cnpq.br/8075252796586989O descarte e lançamento inadequado de resíduos, resíduos domésticos, industriais, lixo eletrônico, fertilizantes, pesticidas podem elevar as concentrações ambientais de contaminantes que causam impactos significativos sobre a saúde humana e a biodiversidade. Diante desta problemática, o desenvolvimento de tecnologias que auxiliam no tratamento ambiental de locais contaminados por esses xenobióticos é de grande importância. Um método aplicável para remediação ambiental é a biodegradação por catalise enzimática. Lacases fúngicas (em especial as do gênero Trametes) possuem um grande potencial de aplicação na área de tratamento de efluentes e Biorremediação. Assim, uma análise das sequências torna-se importante para a determinação das lacases de alguns microrganismos. Para tal, utilizou-se o 1KYA, que representa o código uma estrutura de lacase ativa de T. versicolor presente no Protein Data Bank (PDB). Essa estrutura está complexada ao ligante 2,5-xilidina, o qual deriva solventes comercialmente utilizados. Por meio dessa análise, é possível entender fatores estruturais importantes para a enzima detoxificar compostos danosos ao meio ambiente, como a 2,5-xilidina. As estruturas e os sítios de ligação foram analisados através do programa BIOVIA Discovery Studio Visualizer 2021, onde foi possível identificar os resíduos de aminoácidos e as ligações que fazem parte do sitio da lacase 1KYA que interagem com a 2,5- xilidina. Para identificarmos fatores estruturais importantes nas sequências das lacases de microrganismos, foi feita uma comparação na sequência primária da lacase ativa (1KYA) com uma sequência conhecida da lacase de Trametes versicolor para determinar qual seria o grau de homologia entre elas e se todos os aminoácidos que fazem parte do sitio ativo identificados. Ao verificar o grau de homologia entre diferentes tipos de lacases, de diferentes organismos, foi possível identificar sequências de 16 microrganismos com um percentual igual ou maior a 79,56%. Além disso, foi possível identificar os resíduos de aminoácidos conservados em lacases de diferentes organismos e os resíduos que mudavam dentre as sequências dessa enzima.Item Inferência filogenética de Apoidea (Hymenoptera) a partir da análise do grau de homologia do citocromo c por ferramentas de bioinformática(2022-06-01) Melo, Ericles Charles Da Silva; Buarque, Diego de Souza; http://lattes.cnpq.br/7609652740088882; http://lattes.cnpq.br/4571885030401284A superfamília Apoidea (Hymenoptera) abriga cerca de 30.000 espécies registradas e é constituída por vários subgrupos de abelhas apoides e vespas, com tipos de hábitos diferentes desde o cleptoparistismo até a eussocialidade. As espécies dessa subfamília podem ser identificadas pela divisão corporal (cabeça, messosoma e metassoma) e pela presença ou ausência de pelos sobre o corpo. Devido à grande dificuldade em estabelecer marcadores moleculares que possam inferir a filogenia deste grupo, objetivamos nesse trabalho verificar se o citocromo c, uma proteína essencial ao metabolismo oxidativo e produção de energia, altamente conservada nas espécies, pode cumprir satisfatoriamente com esse papel. O trabalho consistiu em duas abordagens: 1) a busca das sequências primárias do citocromo c de organismos da superfamília Apoidea disponíveis em banco de dados biológicos (NCBI Protein), para posterior alinhamento múltiplo e obtenção de uma árvore filogenética através do programa MAFFT; 2) comparação com as filogenias presentes na literatura. Foram obtidas sequências FASTA de 15 espécies, todas contendo 108 resíduos de aminoácidos. O cladograma obtido a partir do alinhamento proposto mostra que as tribos Bombini e Apini parecem formar um grupo-irmão. O estudo também mostrou que o ancestral em comum que origina a tribo Euglossini, também origina as tribos Bombini, Apini e Meliponini, assim demonstrando que Apini e Euglossini podem ser grupos parafiléticos. Apesar das poucas sequências de citocromo c de Apoidea disponíveis no NCBI Protein, foi possível observar que o cladograma parece andar de encontro com algumas propostas da literatura, sugerindo que o citocromo c parece ser promissor nesse propósito. No entanto, este estudo não propõe de imediato uma nova classificação, pois seria necessário analisar um número maior de sequências primárias de diferentes espécies de Apoidea. Portanto, são necessários mais estudos em variados grupos dentre os himenópteros para que seja possível utilizar do citocromo c como um possível marcador