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Análise do Polimorfismo -607 C/A (RS1946518) do gene IL-18 em pacientes com artrite reumatóide do estado de Pernambuco
(2019-12-13) Moraes, Maísa Maria de; Maia, Maria de Mascena Diniz; Silva, Isaura Isabelle Fonseca Gomes da; http://lattes.cnpq.br/9915138553762710; http://lattes.cnpq.br/7051998554981575; http://lattes.cnpq.br/0862994383816032
A artrite reumatoide (AR) é uma doença autoimune sistêmica, que atinge cerca de 1% da população mundial, afetando ambos os sexos, entretanto, existe maior proporção de casos para mulheres do que para homens. Ainda não existe clareza em relação a etiologia da doença, porém sabe-se que inclui fatores genéticos e ambientais. A IL-18 é uma citocina pro-inflamatória e seu alto nível está relacionada com a severidade de doenças inflamatórias, crônicas e destrutivas. Sendo assim, este trabalho teve como objetivo analisar o polimorfismo -607 C/A do gene IL-18 em pacientes diagnosticados com AR e sua relação com a gravidade da doença. A pesquisa foi realizada com 114 pacientes, sendo 111 mulheres e 3 homens moradores da cidade de Recife-PE. Foi realizada a coleta sanguínea dos pacientes e depois foi feita a extração de DNA seguida pela amplificação pela Reação em Cadeia da polimerase convencional (PCRc). Após a PCR, as amostras foram corridas em gel de agarose a 2% (p/v) coradas com blue Green loading dye (LGC) e o resultado visualizado em luz UV. As análises estatísticas foram realizadas usando análise univariada, com nível de significância p < 0,05, aplicando o teste ANOVA one-way. Para a frequência genotípica, as amostras foram submetidas ao teste Qui-quadrado, considerando significativo p< 0,05. Os pacientes que apresentaram o genótipo AA, mostram uma média significativa maior para Clinical Disease Activity Index (CDAI) (25,15 ± 11,06) quando comparados com os outros genótipos CC e CA (16,32 ± 9,26 e 20,49 ± 9,76) respectivamente. Estes resultados sugerem que a IL-18 pode estar relacionada com o aumento do CDAI quando o paciente apresenta o genótipo AA. Os valores de Disease Activity Score 28 (DAS 28 ) (p=0,096) e Health Assessment Questionnaire (HAQ) (p=0,823) não foram significativos em relação aos genótipos AA, CC e CA , mostrando que não foi encontrado associação do polimorfismo com esses índices de atividade, sugerindo que esse polimorfismo não está associado com a incapacidade do paciente. A análise do fator reumatoide (FR) não mostrou resultados estatísticos significativos (p= 0,879) e também os resultados da análise da erosão, não mostrou significados estatístico (p= 0, 529), sugerindo que o polimorfismo da IL-18 (-607 C/A (RS1946518)) não está associada com a erosão e com o fator reumatoide. Assim, podemos dizer que a IL-18 (-607 C/A (RS1946518)) poderá está associada com a atividade da doença, quando relacionado ao aumento do CDAI em pacientes que apresentam o genótipo AA. Entretanto, são necessários mais estudos, para entender melhor a associação do polimorfismo de outras regiões do gene da IL-18 no desenvolvimento da AR.
Análise in silicode iniciadores de genes referência utilizados como normalizadores em estudos utilizando qPCR para avaliação da expressão de isolados de Klebsiella pneumoniae
(2019) Fonseca, Bárbara Schneyder Oliveira Pereira da; Almeida, Anna Carolina Soares; Nascimento, Crisvânia Pedrosa dos Santos; http://lattes.cnpq.br/9308656350291661; http://lattes.cnpq.br/4891800920829895; http://lattes.cnpq.br/0924501124844316
A Klebsiella pneumonia e é uma bactéria patogênica considerada “uma ameaça urgente à saúde humana”, pois é crescente o número de relatos de bactérias resistentes aos antibióticos, principalmente aos considerados de última linha para seu tratamento, como a colistina. Com isso, se faz necessário o entendimento de seus mecanismos de resistência, para saber as melhores formas de tratamento e desenvolver novas drogas para trataras infecções. Para isso a PCR quantitativa em tempo real em estudos de expressão relativa se tornou uma das ferramentas mais eficazes a fim de compreender o funcionamento bacteriano a nível transcricional, porém para que os resultados sejam confiáveis e reais é necessária a realização da etapa de normalização, que dentre os possíveis o mais comum é por meio do uso de genes de referência. Porém a escolha dos genes a serem utilizados como normalizadores dentre os genes apontados pela literatura tem se mostrado controversa e, em muitos casos, com pouca confiabilidade. Essa dificuldade seria eliminada se houvesse um banco de dados robusto, para diversos tipos de estudos para espécies além de humanos e ratos. Assim, surgiu a necessidade de avaliar dentre os estudos expressão gênica bacteriana utilizando a qPCR, os genes utilizados como normalizadores e os iniciadores utilizados para amplificá-los. Em uma análise da literatura, disponível no Pubmed, os genes 16Se rpoB foram os mais usados como normalizadores. Através de análises in silico feitas após a análise de literatura foi possível observar que de 38 sequências de pares de iniciadores analisados apenas quatro estavam dentro do padrão ideal sendo os melhores a serem utilizados em pesquisas posteriores, dentre as quatro apenas uma era referente a um dos genes mais utilizados, o 16S.
Diversidade de genes de resistência em bactérias de ambientes extremos
(2022-10-07) Silva, Erivelton Gomes da; Freitas, Nara Suzy Aguiar de; http://lattes.cnpq.br/6891650997818766; http://lattes.cnpq.br/9369370749452563
As bactérias de ambientes extremos são pouco conhecidas e as histórias evolutivas ligadas aos padrões de genes de resistência e virulência ainda continuam escondidas. Apesar de serem, geralmente, associadas a uma única condição extrema, com frequência são descritas como multirresistentes, o que supomos ser devido ao seu rico arsenal genético. Estudar a diversidade desses genes pode nos ajudar a compreender como a vida bacteriana se adapta no cenário de mudanças ambientais decorrentes da ação humana. Esse trabalho estudou a diversidade de mecanismos de resistência em bactérias e os seus genes compartilhados entre representantes dos táxons de Terrabacteria e Proteobacteria. Foram selecionados 16 genomas de 12 gêneros, entre bactérias termófilas, psicrófilas, halofílicas, radiotolerantes, acidófilas e resistentes a metais pesados, além de 44 genes de resistência. Uma árvore filogenética foi construída com as sequências de RNAr 16S (MEGA software). As sequências dos genes de interesse foram alinhadas contra o banco de dados do NCBI/BLAST, e suas relações com Elementos Genéticos Móveis (EGMs) obtidas (IslandViewer 4). Entre os produtos de genes, destacamos as moléculas de Quorum Sensing para formação de biofilmes, presente entre táxons filogeneticamente distantes, de modo que seus sinalizadores e receptores homólogos poderiam ser utilizados na compreensão da multirresistência em ambientes extremos. Por sua vez, encontramos também genes que atuam em conjunto na confecção de resistência, como os genes de reparo de DNA mutS/mutL, ou os genes de resistência a fatores estressores phaE/phaC, mas que em alguns táxons apresentaram a ausência de uma de suas partes, ou variações significativas no percentual de identidade dos alinhamentos, indicando possível diferença de funcionalidade. Outros genes mostraram-se mais restritos a determinados táxons, como o ddrD do radiotolerante Deinococcus radiodurans, que atua dentro de um cenário específico de radiação e escassez nutricional, caso em que o aprimoramento de um único gene/produto levou a um mecanismo de multirresistência. Outro exemplo de restritividade é o gene phaE do multirresistente Rubrobacter xylanophilus, que coopera na robustez e resistência ao estresse nessa espécie. Também observamos três casos de correlação de EGMs com os genes de resistência: o primeiro na ocorrência do gene de radiotolerância recA em Ilhas Genômicas em Thermus sp; outro na relação de EGMs e Ilhas genômicas com os genes ars e cad, de resistência ao arsênio e cádmio, respectivamente, em Geobacillus stearothermophilus; e por fim a relação do gene acidófilo kdpB e sua associação com plasmídeos em vários dos táxons estudados. Essas evidências apontam que, ao menos para uma pequena parte desses mecanismos, existe um potencial de compartilhamento de genes de resistência por meio de Transferência Horizontal de Genes - THG. Esse potencial para mobilidade pode ser uma excelente ferramenta biotecnológica na edição genômica de bactérias usadas na biorremediação de ambientes contaminados. Acreditamos que novos estudos de padrões e variações, análises filogenéticas e correlação desses genes com EGMs e Ilhas Genômicas, possam ser caminhos para entender mais sobre a diversidade de genes de resistência em bactérias extremófilas.
PPARs no câncer de fígado: sintenia e interações aplicados a medicina evolutiva
(2024-02-26) Leôncio, Thays Maria; Freitas, Nara Suzy Aguiar de; Souza, Paulo Roberto Eleutério de; http://lattes.cnpq.br/6891650997818766; http://lattes.cnpq.br/3551659636270655
O câncer de fígado é o sexto mais frequente em diagnóstico e terceiro em causa de óbitos. Os receptores nucleares ativados por proliferador de peroxissoma (PPARs) são um grupo gênico que atuam como fatores de transcrição e recentemente indicados como potenciais terapêuticos para o câncer de fígado. Assim, estudamos os genes PPARs associados com suas interações e sintenias em uma abordagem de medicina evolutiva do câncer hepático. A seleção da família de PPARs e análise primária de suas funções foram obtidas a partir das plataformas NCBI e UniProt. A busca das interações gênicas foi realizada pela rede de associação de proteínas no banco de dados STRING, para os subtipos PPAR[alfa], PPAR[delta] e PPAR[gama] e a análise de sintenia desse grupo gênico foi efetuada. O retorno das informações apontaram que o conjunto de genes e produtos gênicos avaliados possuem múltiplas funcionalidades de magnitude e complexidade variadas, sendo relacionadas com o metabolismo hepático e seus fatores de risco ou não com o câncer de fígado. Além de serem unidades mendelianas, também possuem, principalmente, efeitos pleiotrópicos positivos e negativos, envolvidos direta ou indiretamente com doenças hepáticas ou fenótipos saudáveis, como nas atividades relacionadas ao funcionamento da tireóide, espermatogênese, formação e diferenciação óssea, controle da saciedade, ciclo circadiano, entre outras. Essas análises que apenas se iniciam mostram-se promissoras para um prognóstico precoce envolvendo não só as interações moleculares dos PPARs, mas suas posições no genoma. Neste viés, os genes também são modulados ora para desenvolver sua expressão tumorigênica, ora não, sugerindo que o estudo deles primariamente focado em um fenótipo saudável pode facilitar ações preventivas. Essa abordagem básica da medicina evolutiva apontou novos alvos de biomarcadores para o carcinoma hepatocelular que podem ser efetivamente úteis para avaliações genéticas futuras, visando uma melhor prevenção de agravos e promoção da saúde.