TCC - Bacharelado em Agronomia (Sede)
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Item Detecção sorológica de cowpea aphid-borne mosaic virus em diferentes espécies de Passiflora e caracterização biológica de um isolado obtido de Passiflora alata(2023-04-20) Gonçalves, Marcelo Henrique Oliveira; Blawid, Rosana; http://lattes.cnpq.br/5904522485457534; http://lattes.cnpq.br/3162539756953013As espécies pertencentes ao gênero Passiflora são popularmente conhecidas como maracujazeiros. Elas possuem importância principalmente para uso ornamental, medicinal e para comercialização de seus frutos in natura ou processado para a industrialização. Dentre as doenças que afetam o seu cultivo, as viroses possuem grande relevância. E dentre elas, a virose do endurecimento dos frutos do maracujazeiro, causada pelo cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), destaca-se em importância devido a sua grande disseminação e difícil manejo. Portanto, o objetivo principal deste trabalho foi a detecção de CABMV em diferentes espécies de Passiflora e sua caracterização biológica em plantas infectadas de Passiflora alata. Para tanto, foram coletadas 17 amostras pertencentes as espécies P. edulis, P. watsoniana, P. cincinnata, P. alata, P. rupestris, P. subrotunda, P. serrato-digitata, P. galbana, P. vesicaria e um híbrido ornamental cv. BRS Céu do Cerrado proveniente de cruzamento P. edulis x P. incarnata apresentando sintomas que poderiam ser associados a infecções virais. As amostras foram submetidas a detecção sorológica por meio de Dot-Elisa, utilizando anticorpo primário específico anti-CABMV e anticorpo secundário anti-Igg conjugado com enzima fosfatase alcalina (AS-0417, DSMZ, Alemanha). Além disso, realizou-se detecção por meio de PCR utilizando primers universais pAL1v1978 (5’ GCA TCT GCA GGC CCA CAT YGT CTT YCC NGT 3’) e Par1C496 (5’ AAT ACT GCA GGG CTT YCT RTA CAT RGG 3’) para detecção de coinfecção com begomovírus em quatro amostras de P. edulis e P. alata. O isolado RPA-1 de CABMV, obtido de P. alata, proveniente do município de Recife, foi submetido ao teste de Western blot para confirmação da presença viral. Em seguida, foi realizada a caracterização biológica do isolado RPA-1 mediante inoculação mecânica nas seguintes espécies: P. edulis, P. suberosa, P. vesicaria, Phaseoulus vulgaris cv. Preto 193, Glycine max, Vigna unguiculata cv CNC 0434, V. unguiculata cv. TVu 2331 e Nicotiana benthamiana. Dentre as amostras avaliadas, 76% testaram positivo para a detecção do CABMV, dentre elas, as espécies: P. edulis, P. alata, P. cincinnata, P. watsoniana, P. galbana, P. subrotunda e o híbrido ornamental cv. BRS Céu do Cerrado. Nenhuma amostra avaliada apresentou infecção por begomovírus. Por último, o isolado RPA-1 foi detectado por Western blot para a presença do CABMV e foi capaz de infectar plantas de N. benthamiana, P. edulis, P. vulgaris cv. Preto 193, mas não foi capaz de causar sintomas em plantas de Glycine max, Vigna unguiculata cv CNC 0434, V. unguiculata cv. TVu 2331. Apesar do isolado RPA-1 induzir sintomas virais em plantas de P. vesicaria, não foi possível detectar a presença do CABMV por sorologia, o que pode indicar que o inóculo utilizado para o experimento de inoculação mecânica pode também conter outro vírus.Item Identificação e caracterização de um novo putativo vírus da família Rhabdoviridae a partir de dados de sequenciamento de alto desempenho de mandioca (Manihot esculenta Crantz)(2022) Santos, Lucas Nascimento dos; Blawid, Rosana; http://lattes.cnpq.br/5904522485457534; http://lattes.cnpq.br/6206572147802969A mandioca (Manihot esculenta Crantz.) é uma das culturas agrícolas mais importantes no mundo. Apresenta rusticidade, adaptabilidade e múltiplas aptidões na alimentação humana e animal, in natura ou após processamento industrial. Dentre os fatores limitantes à cultura da mandioca estão as doenças, sendo possível encontrar uma série de patologias causadas por diferentes organismos, dentre os quais, os vírus estão entre os principais. Para que técnicas de manejo de doenças possam ser estudadas e implementadas no campo, é necessário que o agente causal da doença seja devidamente identificado, e, neste sentido, muitas ferramentas de bioinformática têm auxiliado os estudos taxonômicos e têm ajudado a compreender a diversidade biológica que há dentro de diferentes organismos. Deste modo, este trabalho objetivou realizar a identificação e caracterização in silico de sequências virais em dados de sequenciamento de alto desempenho (High-throughput sequencing, HTS) de mandioca disponíveis no NCBI. Os arquivos brutos de sequenciamento de mandioca foram obtidos do repositório SRA do NCBI. Os reads foram trimados no Trimmomatic v.0.36 e analisados quanto a qualidade com a ferramenta FastQC v.0.11.9. A montagem do genoma foi realizada através do SPAdes v.3.15 (k21, 33,55, 77, 99; --careful), e os contigs foram identificados através da ferramenta tBlastX. Os contigs foram estendidos através de mapeamentos consecutivos utilizando a ferramenta BBmap implementada dentro do software Geneious v.R11. O genoma completo foi caracterizado com base em motivos descritos na literatura (espaçadores intergênicos, motivos para início da transcrição e sinais de poliadenilação), além de regiões repetitivas. As ORFs foram identificadas através de análises realizadas com os bancos de dados do UniProt e Pfam. Além disso, foram identificados motivos conservados na proteína L (RdRp) através do alinhamento com sequências de outros gêneros dentro da subfamília Betarhabdovirinae. Também foram determinados possíveis sítios de glicosilação dentro da glicoproteína (G) utilizando a ferramenta NetNGlyc 1.0. O software SDTv1.2 foi utilizado para o alinhamento global de sequências do gene L (nt) de todos os representantes da subfamília Betarhabdovirinae. A pipeline utilizada neste trabalho foi eficiente para a montagem e caracterização da nova sequência viral encontrada nos dados de HTS de mandioca. O genoma viral montado apresenta um genoma estruturalmente característico à família Rhabdoviridae, porém, com a presença de uma ORF extra anterior ao gene L. Com base nos resultados obtidos, provavelmente, trata-se de uma nova espécie de um novo gênero dentro da família Rhabdoviridae. Estudos futuros deverão ser realizados para a confirmação da descoberta desta provável nova espécie viral.Item Relatório final de atividades do Estágio Supervisionado Obrigatório: estudo da diversidade begomoviral em leguminosas oriundas da região Norte e Nordeste do Brasil(2025) Brito, Carlos Henrique Machado Dias de; Blawid, Rosana; http://lattes.cnpq.br/5904522485457534; http://lattes.cnpq.br/9026624159138479O feijão (Phaseolus sp.) é uma cultura de grande importância socioeconômica em todo o Brasil e é cultivada tanto por grandes como pequenos agricultores. A cultura tem sido amplamente estudada no intuito de obter variedades geneticamente melhoradas para caracteres de produtividade e resistência ou tolerância a doenças. Dentre as principais doenças que acometem a cultura do feijão no Brasil estão as causadas por vírus. Os vírus relatados infectando a cultura do feijão no Brasil correspondem aos gêneros Begomovirus, Potyvirus, Comovirus, Carlavirus e Sobemovirus. Dentre os vírus pertencentes aos gêneros estudados, os begomovírus são considerados os mais importantes, pois podem causar perdas de até 100% da produção na cultura do feijão. Além disso, os begomovírus infectam uma ampla gama de hospedeiros, incluindo as plantas forrageiras e daninhas, que podem servir como fonte de inóculo viral. Este projeto teve como objetivo o estudo da diversidade de begomovírus em leguminosas de importância socioeconômica, especialmente nas culturas de feijão comum (Phaseolus vulgaris), caupi (Vigna unguiculata) e feijão-fava (Phaseolus lunatus), encontradas nas regiões Norte e Nordeste brasileiro. Portanto, este projeto visou contribuir com a agricultura brasileira da região Nordeste e Norte através da diagnose, estudos moleculares e epidemiológicos de begomoviroses na cultura do feijão. Para tanto, duas instituições nacionais (UFRPE, UFPE) e uma instituição internacional (DSMZ, Coleção Alemã de Microorganismos e Culturas de Células, Alemanha) trabalharam em conjunto no estudo da diversidade begomoviral em leguminosas de importância socioeconômica visando no futuro estabelecer medidas eficazes de manejo e controle de doenças virais.