Avaliação da eficiência dos genes 12s e 16s rna ribossomal como marcadores barcode e na filogenia de peixes neotropicais

Abstract

A região Neotropical abriga a maior diversidade de peixes de água doce do planeta; contudo, a identificação taxonômica de linhagens enfrenta desafios significativos devido à complexidade morfológica e à escassez de dados genéticos, fenômeno conhecido como Darwinian shortfall. O presente estudo teve como objetivo avaliar o potencial dos genes mitocondriais 12S e 16S RNA ribossomal (rRNA), como marcador de DNAbarcodingcomplementar ao gene padrão Citocromo Oxidase Subunidade I (COI). Uma compilação e curadoria de mitogenomas completos disponíveis em bases públicas (GenBank e MitoFish) foram download e alinhados para o desenho “in silico” de primers universais para identificação taxonômica e reconstrução filogenética usando o método Neighbor-Joining. Os resultados revelaram a existência de uma lacuna nos dados do mitogenoma baixados: apenas 133 espécies neotropicais apresentaram sequências completas validadas para os três genes simultaneamente. As análises moleculares mostraram uma dicotomia funcional entre os marcadores, devido a cada marcador possuir taxas de evolução diferentes. O gene 16S rRNA destacou-se por maior robustez, permitindo ao par de primers recuperar com maior eficácia clados mais profundos (ordem e família). Já o gene 12S rRNA, embora útil filogeneticamente, apresentou maior taxa de mismatches nas regiões de design dos primers, possuindo assim maior número de bases degeneradas. Em contraste, o gene COI falhou na resolução de níveis taxonômicos superiores, mas manteve sua superioridade na distinção terminal das espécies. Conclui-se que nenhum marcador DNA barcodingisolado é suficiente para detecção taxonômica da complexa ictiofauna neotropical, recomendando-se uma estratégia integrativa usando ambos os genes mitocondriais para recuperar e identificar com maior eficácia as espécies de peixes neotropicais.